幕府见识到天人强大的实力后，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。武士们将幕府看作卖国贼，攘夷风潮遍布世间，而唯恐与天人关系恶化的幕府开始对武士进行镇压，从此进入了长期的内战。
随着战争的长期化，天人以协助镇压之名对内政进行干涉，后来在的指挥下，幕府进行了一场大肃清，即。各地煽动攘夷的志士、激进分子、诸侯、公卿，皆被列为肃清的对象，导致攘夷运动急剧衰退。
当失去领导的武士们纷纷抛下手中的刀时，坂田银时、桂小太郎、高杉晋助、坂本辰马、绯村剑心、志志雄真实等人先后站了出来，掀起第二波攘夷高潮……只不过，最终还是倒在幕府与天人的联合势力下。
随后，幕府先是颁布，夺走了武士的刀；再成立武装警察部队，保护江户和平、铲除攘夷志士——有识之士均明白，江户已被天人占领，幕府沦为，地球真正的主人是天道众。
攘夷战争失败后，苟活的攘夷志士各奔东西。
坂田银时：因威震敌我、身披白袍和银色头被称为“白夜叉”。但业已承认新时代，在歌舞伎町中经营一间，与两个跟班过着潇洒却拮据的生活。
桂小太郎：人称“假”，至今从事着攘夷活动，是个炸弹狂魔。
高杉晋助：攘夷志士中最激进、最危险的男人，密谋摧毁这个腐朽的幕府政权。
绯村剑心：攘夷战争时期最强的武士，飞天御剑流十四代继承人，因杀人无数而被称为“拔刀斋”。在新时代中，立志不再杀人，携带一把逆刃刀流浪，但近段时间于神谷道场逗留。
志志雄真实：原本为攘夷志士，但因被同伴出卖而全身烧伤。现在怀抱着满腔怒火，在某偏僻的村落实行“弱肉强食”，假以时日，不管是幕府还是攘夷志士都会受其所害。
新时代不算太好，即便带来了先进的技术，但外来的天人是一等居民、土生土长的地球人反倒成为二等居民，怎么样都不是可以轻易接受的事情。
但仅限于“目前”，攘夷志士中没一个靠谱的，都不像是能带给广大地球人更好的未来的人，还不如让新时代继续走下去，保不准哪天地球会变成一个平等的多元化国家，地球人也能平等地探索宇宙~
